Родился 20 августа 1932 года в Казани в семье партийных работников. Отец - Аксенов Павел Васильевич (1899 г. рожд.). Мать - Гинзбург Евгения Семеновна (1904 г. рожд.), автор широко известных мемуаров о сталинских лагерях, в том числе книги "Крутой маршрут". Супруга - Аксенова Майя Афанасьевна (1930 г. рожд.). Сын - Аксенов Алексей Васильевич (1960 г. рожд.).
В конце 1930-х годов родители В. Аксенова были репрессированы. По словам писателя, свет для него распахнулся в Магадане, куда он в 16-летнем возрасте приехал к отбывавшей ссылку матери. Семидневный перелет через весь континент - это бесконечное путешествие по бескрайним просторам (днем в пути, ночью приземлялись в крупных городах: в Свердловске, Красноярске, Охотске...) - произвел на него неизгладимое впечатление: география, которую изучали в школе по учебникам и картам, теперь раскрылась перед ним наяву... Магадан, как это ни парадоксально, поразил своей свободой: в бараке у мамы вечерами собирался "салон". В компании "бывших лагерных интеллигентов" говорилось о таких вещах, о которых Василий до этого и не подозревал. Будущего писателя потрясли широта обсуждавшихся проблем, рассуждения о судьбах человечества. А близость к Аляске и Тихому океану за окном распахивала горизонты...
Первой профессией, которую освоил Василий Павлович, была профессия врача. По окончании 1-го Ленинградского медицинского института, Василий Аксенов работал терапевтом на карантинной станции Ленинградского морского порта (1956-1957). Этот период жизни - в предвкушении встречи с дальними странами, мечтах о путешествиях - он опишет позже в романе "Коллеги". Затем Василий Аксенов работал в больнице Водздравотдела в поселке Вознесение на Онежском озере (1957-1958) и в Московском областном туберкулезном диспансере (1958-1960).